I 1810 blev Blicher gift med den syttenårige Ernestine Juliane Blicher (født Berg). Ernestine var enke efter Blichers farbror Peder Daniel Blicher, der var fyrre år ældre end Ernestine. Peder Daniel var præst i Spentrup ved Randers, og Blicher havde mødt Ernestine i præstegården i Spentrup. Ernestine tog en god portion penge, hun havde arvet, med sig ind i ægteskabet med Blicher. Med sig tog hun også sin søn, som hun havde fået med Peder Daniel. Blicher og Ernestine fik ti børn sammen. Derudover tog de tre af Ernestines søster og mands børn til sig (Ernestines søster var gift med Blichers bror, Jens).
Ægteskabet med Ernestine gik op og ned. De har haft deres kriser. Disse kriser har muligvis ofte bundet i, at de manglede penge, og muligvis fordi Ernestine var Blicher utro. I vinteren 1827 havde parret tilsyneladende deres værste krise. De blev separerede, og Ernestine flyttede til Randers. Separationen varede dog kun seks måneder, hvorefter Blicher hentede hende hjem igen. I den anden udgave af Blichers (særprægede) selvbiografi "Erindringer af Steen Steensen Blichers liv, optegnede af ham selv" fra 1846 (første udgave fra 1840 havde blot titlen "Steen Steensen Blicher") har Blicher lavet flere noter bl.a. en talgåde, der knytter sig til oplysningen om, at han blev gift med Ernestine. Den lyder: ”Hans Fødselsdag var den 11te October, hans Bryllupsdag den 11te Juni, og den 11te December 1827 er en mærkelige Terminsdag for ham – ikke i Pengevæsen, men i Skjæbnens Gang, dog verden skøtter vel ikke om at vide, hvad han selv ønskede at glemme.” Denne talgåde er gennem tiden blevet tolket således, at det var den 11. december 1827, Blicher greb Ernestine i utroskab. Den tolkning er senere blev til fast overbevisning, men så vidt vides nævner Blicher aldrig Ernestines utroskab direkte, men har kun hentydet til den her og i breve. Hvorvidt hun rent faktisk har været utro, kan man kun gisne om.
Ernestine forstod ikke, hvorfor Blicher skulle være forfatter. Hun mente ikke, han skulle bruge tid på skriverier. Da Ernestine døde den 2. april 1875 , havde hun ikke flere af Blichers bøger tilbage, selvom det var dem, hun hovedsageligt tjente penge på. Hun ønskede efter sigende heller ikke at blive begravet ved siden af Blicher, men foretrak at blive begravet ved siden af sin første mand Peder Daniel. Hun blev dog begravet ved siden af Steen Steensen Blicher i Spentrup.
Mange har tolket Blichers novelle ”Sildig Opvaagnen” (1828) om den utro Elise som en selvbiografisk tekst om Ernestines utroskab. I novellen har Blicher dog ikke indskrevet sig selv direkte med navns nævnelse eller ved at lade Peer Spillemand, Blichers alter ego, fortælle historien, hvad han ellers ofte gjorde. Alligevel er novellen blevet læst, som om den handlede om Ernestine. Lars Bardram argumenterer i sin analyse af "Sildig Opvaagen" for en vis sammenhæng mellem Elise og digteren Gottfried August Bürgers kone Elise, der var Bürger utro. Læs mere her.
Blicher digt "Rylen" fra Trækfuglene er også ofte blevet læst som om, det handlede om Ernestine. Du kan læse det her.